학교 교훈은 성경 잠언 1장 7절의 말씀이다.
이 말씀은 '창조주이신 여호와를 경외하는것이 피조자인 사람이 마땅히 해야 할 일이며 우선적으로 강조되어야 한다'는 말씀이다. 계성학교의 설립목적은 선교가 가장 중요한것이다. 이 땅에 하나님의 말씀을 교육을 전하고자 한 것이다.
1913년에 제정된 학칙 총칙 1조를 보면 '본교는 기독교회 내에 청년 남자의 도덕을 배양하고 지식을 발달하게 함을 목적한다'라고 되어있다.

1923년 방해법이라는 내용이 있다. 그리고 선교사가 작성한 문서에도 '본교의 목적은 청년 남녀로 과학적 또는 영적으로 교육하여 학교나 일반 사회에 기독교적인 선구자가 되게 함을 목적으로 한다'라는 내용이 있다.
그리고 핸더슨 교장의 계성 30주년 기념사에 보면 '그리스도의 신앙 확립, 도덕성 개발, 지적 훈련'이라는 말이 나온다. 청년 남자의 도덕을 배양하고 지식을 발달하게 함을 목적한다'라고 되어있다.
이 세 가지 사실을 종합하여 보면 계성학교 설립 목적은 이 나라 청년들에게 영적 수월성과 지적 수월성을 갖춘 인재를 양성하여 사회의 지도자가 되게 하고 선교의 역군이 되게 하는 것이었다는 것을 알 수 있다.
학교 교훈은 이러한 설립 목적에 근본이 된다. 창조주이신 여호와를 경외하지 않고는 진정한 지식을 얻을 수 없고 이러한 지식을 얻지 않고는 영적이고 지적인 인재가 될 수 없기 때문이다. 이 교훈을 한문으로 번역한 것이 '寅畏上帝智之本'인데, 아담스관 벽면과 교사연구실 상단에 씌어져 있고, 1986년에는 계성 48회 졸업생들이 모교방문 기념으로 교훈비를 맥퍼슨관 남쪽에 세웠다.