교목실은 여호와를 경외함이 지식의 근본(잠언1장7절)이라는 교훈에 따라 하나님 나라를 가르치고 이 땅 위에 기독교 정신에 바탕을 둔 지도자를 배출하기 위하여 힘쓰고 각종 학내활동을 주관하고 있다.

• 이를 구체적으로 실현하기 위해 교사 성경공부, 신앙상담을 통하여 교직원의 신앙을 돕고 있다. 학생 복음화활동으로 성경을 가르치고 매주 목요일 대강당에서 전 교직원과 학생들이 예배를 드리고 있다. 매일 아침 각 학급에서 기도 대표가 친구들을 위해 기도하고 수업에 임하고 있다. 또한 올해 4월에는 인성교육의 날(대수양회)을 개최하여 신앙강화를 돕고 있으며, 특별예배(부활절, 맥추 감사절, 추수 감사절, 성탄절)를 드리고 있고, 12월에는 신앙교육의 결실로 3학년 학생들을 상대로 세례식을 베풀 예정이다. 그리고 매년 2월에는 졸업생들을 대상으로 졸업예배를 드리고 있다. 보다 더 효과적인 신앙지도를 위해 교목실을 상담실로 개방하여 운영하고 있으며 방과 후 적극적인 전도활동을 통해 그리스도의 나라를 확장해 나가고 있다.

• 건학 이념인 여호와를 경외하는 것이 지식의 근본임을 알게 하고 하나님의 마음을 품고 그 분의 나라를 학생들에게 가르치기 위해 매일 아침 교사들이 자발적으로 드리는 시간이다. 매일 아침 8시 20분에 교무실에 모여 기도를 드리고, 각 학급에서는 학생들이 돌아가며 학급과 친구들을 위해 기도를 드리고 하루를 시작한다.

• 118년의 역사와 전통을 자랑하는 계성의 자랑인 대수양회는 재단의 지원을 받아 매년 4월 중 개최하여 교직원과 전교생이 이틀 동안 찬양과 간증과 초청강사를 통한 하나님의 말씀과 다채로운 행사를 통해 신앙을 체험하는 은혜로운 시간이다. 또한 낮시간을 이용하여 교사들을 위한 특별집회 시간도 갖는다.

• 하나님을 경외하는 것이 지식의 근본이라는 기독교 정신에 입각한 학교설립의 목적에 따라 본교는 철저한 기독교 교육을 실시하여 이 나라와 이 민족을 이끌 지도자를 양육하고 있다. 전 학년에게 창체 수업을 통하여 성경과 강당 및 방송예배, 대수양회와 교사들의 헌신적인 노력의 결과로 3학년 2학기 12월 중에 복음을 영접한 학생들을 상대로 세례를 베풀어 졸업을 시키고 있다.(매년 졸업생들의 84% 세례를 받고 졸업)

• 매주 목요일 2교시에 전교생이 강당에서 예배를 드린다. 그리고 매월 1회 교사들이 연주하고 율동, 찬양으로 인도하는 찬양예배로 드리고 있다.
• 매일 아침 시간에 각반 담임 선생님들의 인도로 경건의 시간을 가진 후 수업을 시작하고 있다.
• 졸업하는 3학년을 대상으로 졸업식 하루 전에 강당에서 전 교사들과 졸업생이 3년 동안 인도하신 하나님께 감사의 예배를 드리는 시간이다.
• 기독교의 절기 가운데 가장 의미 있게 드려지는 이 예배들을 통하여 기독교 문화를 소개하고 건학 이념 구현에 힘쓰고 있다. 부활절 예배, 맥추 감사절 예배, 추수 감사절 예배, 성탄절 예배